ปี 2012, 10 ปีหลังจากการผจญภัยครั้งยิ่งใหญ่ ไดสุเกะและเพื่อนๆ ที่เคยเป็นเด็กผู้ถูกเลือก ได้เติบโตเป็นวัยรุ่น แต่ความผูกพันกับดิจิมอนคู่หูยังคงอยู่เสมอ จู่ๆ เหตุการณ์ไม่คาดฝันก็เกิดขึ้น เมื่อดิจิทามะขนาดยักษ์ปรากฏเหนือโตเกียวทาวเวอร์ พร้อมข้อความลึกลับที่ว่า "มอบเพื่อนให้กับทุกคน ส่งดิจิมอนให้กับคนทั้งโลก" ขณะที่ทุกคนกำลังงงงวยกับเหตุการณ์ที่เกิดขึ้น ไดสุเกะและเพื่อนๆ ก็ได้พบกับ รุย
ชายหนุ่มปริศนาที่กำลังปีนขึ้นไปบนโตเกียวทาวเวอร์ รุยอ้างว่าตนเองคือมนุษย์คนแรกที่ผูกพันกับดิจิมอน แต่กลับปฏิเสธที่จะเชื่อมโยงกับดิจิมอนอีกครั้ง เหตุใดรุยจึงทำเช่นนั้น? คำตอบอยู่ที่อดีตอันเจ็บปวดเมื่อ 15 ปีที่แล้ว เมื่อรุยเด็กชายวัย 4 ขวบ ได้พบกับดิจิมอนคู่หูชื่อ อุ๊กโกะมอน และขอให้มันช่วยให้เขามีเพื่อน แต่ความปรารถนาของรุยกลับนำไปสู่เหตุการณ์ที่ไม่คาดคิด ทำให้เขาต้องตัดขาดจากอุ๊กโกะมอน
