หลังจากที่ผู้อำนวยการสำนักข่าวกรองกลาง อลัน ฮันลีย์ สั่งปิดหน่วย IMF อีธาน ฮันท์ยังคงเดินหน้าตามล่าองค์กร เดอะ ซินดิเคต แต่กลับถูกจับตัวไป ก่อนที่เจ้าหน้าที่สาว อิลซ่า ฟอสต์จะมาช่วยเขาไว้ เมื่อจนมุม อีธานขอความช่วยเหลือจากวิลเลียม แบรนด์ท แต่ก็ไม่เป็นผล เพราะเขาไม่สามารถทำอะไรได้หลังจากหน่วย IMF ถูกยุบ อีธานจึงต้องเอาชีวิตรอดด้วยตัวเอง หลายเดือนต่อมา อีธานเรียกตัวเบนจี้ ดันน์มา
ช่วยตามล่านักฆ่าจากเดอะ ซินดิเคต ที่วางแผนลอบสังหารนายกรัฐมนตรีออสเตรียในงานโอเปร่า แม้ว่าอีธานจะช่วยนายกรัฐมนตรีได้ แต่เขาก็ถูกลอบวางระเบิดเสียชีวิตในรถยนต์อีกครั้ง อีธานได้รับการช่วยเหลือจากอิลซ่าอีกครั้ง ทำให้เขาเริ่มสงสัยว่าเธอเป็นใครกันแน่ และเขาจะพิสูจน์ได้หรือไม่ว่าองค์กรเดอะ ซินดิเคตมีอยู่จริง
