ทอม ครูซ กลับมารับบท อีธาน ฮันท์ หัวหน้าทีมปฏิบัติการลับของหน่วย ไอเอ็มเอฟ (IMF) อีกครั้ง ในปฏิบัติการสุดอันตรายในกรุงปราก ซึ่งภารกิจครั้งนี้นำทีมโดย จิม เฟลพ์ส (จอน วอยท์) ผู้บังคับบัญชาของเขา แต่แล้วภารกิจกลับล้มเหลว ลูกน้องของเขาเสียชีวิตทั้งหมด อีธานจึงตกอยู่ในสถานการณ์อันตราย เมื่อเขาถูกกล่าวหาว่าเป็นผู้ทรยศและเป็นคนจัดฉากการตายของเพื่อนร่วมทีม เพื่อขโมยราย
ชื่อและข้อมูลสายลับทั้งหมดของไอเอ็มเอฟ อีธานจึงต้องหลบหนีและพิสูจน์ความบริสุทธิ์ของตัวเอง เขาได้รับความช่วยเหลือจาก ลูเธอร์ (วิง เรมส์) และเพื่อนอดีตสายลับ จนสามารถลักลอบเข้าไปในกองบัญชาการใหญ่ของซีไอเอ และนำแผ่นดิสค์ที่หายไปกลับคืนมาได้ แต่ภารกิจของเขายังไม่จบ อีธานยังต้องเปิดโปงผู้ที่อยู่เบื้องหลังเรื่องราวทั้งหมด และล้างมลทินให้ตัวเองให้ได้
